1947 m. gegužės 16 d. debiutu SSRS čempionate savo istorijos pirmą puslapį atvertė geriausia visų laikų Lietuvos futbolo komanda.
Gegužės 16 d. FK „Žalgiris“ A lygos 12-ojo turo dvikovoje LFF stadione susitiko su „Trakų“ ekipa. Tai buvo ne tik principinių varžovų akistata, bet ir jubiliejinės „Žalgirio“ rungtynės. Mat lygiai prieš 70 metų legendinio Lietuvos futbolo klubo istorijos metraštyje buvo paliktas pirmasis oficialus kovų įrašas.
1947 m. gegužės 16 d. „Žalgirio“ pirmtakė Vilniaus „Dinamo“ ekipa debiutavo SSRS čempionato II grupės Centrinės zonos varžybose. Pirmasis vilniečių blynas prisvilo: stebint 15 tūkst. žiūrovų, „Dinamo“ savo aikštėje 1:2 nusileido Maskvos „Lokomotyvui“. Pirmojo įvarčio autoriumi tapo 44 min. tikslų smūgį nuo 11 m žymos pasiuntęs Steponas Petraitis. Nors debiutinės rungtynės nenusisekė, bet gėdos Lietuvai Vilniaus futbolo meistrų komanda nepadarė: per 28 rungtynes surinko 28 taškus ir užėmė aštuntąją vietą (tarp 15 ekipų).
Nuo 1948 m. reprezentacinė Lietuvos futbolo komanda buvo vadinama Vilniaus „Spartako“ vardu, o 1962 m. pavasarį „Spartakas“ buvo pervadintas „Žalgiriu“. Tiesa, tais metais žalgiriečiai aukščiausioje SSRS futbolo klasėje užėmė paskutinę 22 vietą ir nusileido į silpnesniųjų komandų draugiją. Kopimą į futbolo šlovės kalną vėl reikėjo pradėti nuo papėdės.
1966 m. „Žalgiris“ SSRS I lygos pirmame pogrupyje užėmė pirmąją vietą, bet finaliniame trijų pogrupių nugalėtojų turnyre dėl vienintelės vietos Aukščiausioje lygoje tašku atsiliko nuo Luhansko „Zarios“. Nedaug trūko ir 1969 m. – „Žalgiris“ ir vėl buvo pirmas savo pogrupyje, bet finaliniame keturių pogrupių nugalėtojų turnyre Simferopolyje liko ketvirtas.
Greitai komanda pateko į nesėkmių ruožą ir 1971 m. iškrito į SSRS II lygą. Joje žalgiriečiai užtruko šešerius metus. 1977 m. komandą į savo rankas perėmė buvę „Žalgirio“ žaidėjai Benjaminas Zelkevičius ir Stanislovas Ramelis. Nuo sezono pradžios žalgiriečiai kibo į darbą, dideliu pranašumu laimėjo zonines varžybas, o lemiamame etape po sunkios kovos įveikė Nalčiko „Spartaką“ ir grįžo į I lygą.
Iki 1981 m. žalgiriečiai buvo tvirti SSRS I lygos vidutiniokai, o 1982 m. ryžtingai žengė į Aukščiausiąją lygą. Vilniečiai tapo ir lygos nugalėtojais, papildomose rungtynėse Simferopolyje po Sigito Jakubausko įvarčio 1:0 įveikę Kišiniovo „Nistru“ ekipą.
SSRS Aukščiausiojoje lygoje „Žalgiris“ sužibėjo visomis spalvomis. 1983 m. žalgiriečiai tapo pirmo rato nugalėtojais, o galutinėje rikiuotėje užėmė penktąją poziciją. Ryškiausias pergales „Žalgiris“ iškovojo dar po kelių sezonų. 1987 m. visa Lietuva šventė žalgiriečių bronzos medalius SSRS čempionate ir universiados auksą Zagrebe, kur jie atstovavo visai SSRS studentijai, bet žaidė vilkėdami žaliai baltus dryžuotus „Žalgirio“ marškinėlius.
1988 ir 1989 m. „Žalgiris“ paragavo ir Europos taurių turnyrų mūšių parako. Debiutinėse rungtynėse žalgiriečiai 2:0 įveikė Vienos „Austria“ ekipą, bet atsakomoji dvikova baigėsi nesėkme 2:5. Po metų „Žalgiris“ istorinėse rungtynėse įveikė Geteborgo IFK ekipą (2:0 ir 0:1), o antrajame UEFA taurės turnyro etape turėjo pripažinti Belgrado „Crvena zvezda“ pranašumą (1:4 ir 0:1).
1990 m. atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, „Žalgiris“ pasitraukė iš SSRS čempionato. Iš pagrindų pasikeitusi ekipa atvertė naują istorijos puslapį ir pradėjo kelią Lietuvos futbolo pirmenybėse. Šiame kelyje pasitaikė ir pakilimų, ir nuosmūkių. Nuo 1991 iki 2008 metų „Žalgiris“ tris kartus tapo Lietuvos čempionu, penkis kartus iškovojo Lietuvos futbolo federacijos taurę ir kartą šventė pergalę Supertaurės rungtynėse.
Tačiau 2008 m. sostinės ekipa prarado pagrindinį rėmėją ir pateko į finansinę smegduobę. Sunkiausiu metu pagalbos ranką ištiesė komandos sirgaliai. Kartu su žaidėjais ir treneriais jie 2009 m. pradžioje įkūrė Vilniaus miesto futbolo draugiją „Žalgiris“ ir apsaugojo šalies futbolo legendą nuo pražūties.
Metus praleidęs I lygoje, „Žalgiris“ sugrįžo į aukščiausią šalies futbolo divizioną ir netrukus įsitvirtino Lietuvos futbolo viršūnėje. Nuo 2012 m. „Žalgiris“ laimėjo 15 titulų, o pastaruosius keturis sezonus savo trofėjų lentynose sergi A lygos nugalėtojų taurę, LFF taurę ir Supertaurę. Apskritai nuo 1990 iki 2017 m. „Žalgiris“ 7 kartus tapo Lietuvos čempionu, 11 kartų laimėjo LFF taurę ir 6 kartus – Lietuvos Supertaurę.
Jubiliejinį sezoną „Žalgiris“ pradėjo dar viena pergale Lietuvos Supertaurės rungtynėse, o A lygos čempionate tvirtai lenkia kitas komandas. Šią vasarą žalgiriečiai ketvirtą kartą iš eilės šturmuos UEFA Čempionų lygos antrojo atrankos etapo užkardas. Generalinę repeticiją „Žalgiris“ surengs birželio 27 d., kai LFF stadione susitiks su Geteborgo IFK komanda. Kartu atšvęs ir savo 70-ąjį gimtadienį.
„Žalgirio“ laimėjimai
1977 m. – SSRS II lygos varžybų nugalėtojas
1982 m. – SSRS I lygos varžybų nugalėtojas
1987 m. – SSRS Aukščiausiosios lygos pirmenybių bronzinis prizininkas
1987 m. – pasaulinės vasaros universiados nugalėtojas
1991, 1992, 1999, 2013, 2014, 2015, 2016 m. – Lietuvos čempionas
1991, 1993, 1994, 1997, 2003, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016 (pavasaris) ir 2016 m. (ruduo) – LFF taurės laimėtojas
2003, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017 m. – LFF Supertaurės laimėtojas
Žymiausi „Žalgirio“ žaidėjai
Vytautas Saunoris, 1947–1955
Stasys Paberžis, 1947–1951
Algirdas Kulikauskas, 1953–1965
Stanislovas Ramelis, 1959–1973
Petras Glodenis, 1962–1966, 1969, 1973–1974
Romualdas Juška, 1962–1965, 1970–1971
Algirdas Žilinskas, 1962–1975
Benjaminas Zelkevičius, 1963–1967, 1969–1973
Gintautas Kalėdinskas, 1963–1973
Juzefas Jurgelevičius, 1965, 1967–1970, 1973–1980
Kęstutis Latoža, 1968–1983
Vytautas Dirmeikis, 1970–1973, 1975–1981
Eugenijus Riabovas, 1976–1981
Stasys Danisevičius, 1976–1979, 1981–1986
Valdas Kasparavičius, 1976, 1978, 1980–1986
Vaclovas Jurkus, 1977–1988
Sigitas Jakubauskas, 1978–1989
Arvydas Janonis, 1978–1989
Stasys Baranauskas, 1980–1989
Arminas Narbekovas, 1983–1990
Valdas Ivanauskas, 1984, 1986–1989
Viačeslavas Sukristovas, 1984–1990, 1997–1998
Robertas Fridrikas, 1985–1989, 1991
Valdemaras Martinkėnas, 1984–1987, 1989–1991
Aidas Preikšaitis, 1989–1996
Andrius Tereškinas, 1990–1996, 2005
Edgaras Jankauskas, 1991–1996
Igoris Morinas, 1996–1998, 2004–2010
Andrius Skerla, 1995–1996, 2012–2014
Deividas Šemberas 1996–1998, 2014–2015